Durante i dieci anni della guerra gallica, Crasso era morto, ucciso durante la spedizione contro i Parti, e la partita politica si giocava ormai fra Cesare e Pompeo.

Cesare era a capo di un suo impero personale e al comando di uno degli eserciti meglio addestrati che Roma avesse avuto.
I suoi soldati, tra l'altro, lo amavano molto, perché al contrario di altri generali, Cesare non rischiava mai inutilmente la vita dei propri uomini.

Il proconsolato era ufficialmente scaduto e Cesare decise di presentarsi come candidato per le elezioni a console.
Il Senato, controllato da Pompeo, accettò la candidatura, ma intimò a Cesare di presentarsi a Roma solo dopo aver sciolto l'esercito e senza guardie del corpo.
Cesare non era uno stupido e sapeva che se avesse accettato, probabilmente non sarebbe arrivato vivo al giorno delle elezioni.
Così, prendendo esempio dal predecessore Silla, decise di andare contro la legge, attraversò il Rubicone e anche lui entrò a Roma al comando del suo esercito e la conquistò militarmente.

Pompeo e i senatori a lui fedeli fuggirono in Grecia, ma Cesare non li seguì immediatamente, bensì solo dopo aver sconfitto le armate pompeiane in Spagna, in modo da evitare attacchi alle spalle.
Anzi, se ne guadagnò la stima promettendo che avrebbe accolto fra le sue fila chi si fosse arreso: molti accettarono.

A questo punto passò in Grecia e, nel 48 a. C., a Farsàlo, in Tessaglia, avvenne lo scontro.
Le truppe di Pompeo furono duramente sconfitte ed egli stesso fuggì precipitosamente in Egitto dove pensava che sarebbe stato al sicuro, dato che il faraone Tolomeo XIII era un suo alleato.

Tolomeo, però, saputo della vittoria di Cesare, pensò di farselo amico offrendogli la testa di Pompeo su un piatto d'argento e così fece.
Mandò due killer ad accogliere Pompeo che era arrivato ad Alessandria, due sue ex guardie del corpo e di cui si fidava.
Appena sbarcato dalla nave, Pompeo andò loro incontro pensando che lo avrebbero condotto dal faraone, ma quelli lo pugnalarono a morte.
Dopodiché Tolomeo fece effettivamente tagliare la testa all'ex alleato e la presentò a Cesare al suo arrivo.

Cesare, però, non gradì il dono, non solo perché non era un sanguinario come Silla, e perché Pompeo era stato suo parente, ma perché da politico scaltro qual era voleva approfittare al meglio della situazione politica egiziana, caratterizzata da una lotta interna alla famiglia regnante.
Decise perciò di appoggiare l'ascesa al trono di Cleopatra, sorella di Tolomeo e vi riuscì.
Tolomeo, infatti, era già re, mentre Cleopatra era la parte debole del conflitto e sarebbe stata obbligata nei confronti di Cesare per averla aiutata nel conflitto.